La fauna de la selva es muy variada y muy rica en endemismos, por el efecto de aislamiento a raíz de la complejidad orográfica.
Los mamíferos: Entre los marsupiales destacan la muca de orejas negras (Didelphis marsupialis) y la de orejas blancas (D. albiventris), que siempre prefieren la cercanía del agua. Los cuatro ojos (Philander spp.), llamados así por tener manchas blancas encima de los ojos, son omnívoros y muy abundantes, de costumbres generalmente nocturnas.
Las aves: Los falconiformes están representados por numerosas especies, especialmente el gavilán cola de tijera o puellas (Elanoides forficatus), el cóndor real o rey de los gallinazas y muchas otras especies de gavilanes. El águila más grande y hermosa es el águila monera (Oroaetus isidori), que caza monos, pavas y ardillas en las coronas de los árboles.
Garza cuca
Los reptiles: Dos especies de serpientes (Bothrops spp.) son endémicas de la selva alta: la lamón del centro del Perú, y la jergón terciopelo de la selva alta de Cuzco, especialmente Machupicchu. Además son frecuentes varias especies de lagartijas.
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